La Chiesa di Sant'Agata sorgeva nel Rione Ponte, presso l'attuale Via di Monte Brianzo, in passato conosciuta come Via delle Posterule e ia Pontificum. Presso questa strada sorgeva la Chiesa di Sant'Agata, il cui nome è strettamente collegato a quello della Posterula di Sant'Agata, come nel Medioevo fu nota una delle posterule, le porte secondarie delle Mura Aureliane poste nel tratto che costeggiava il Tevere.
Il primo documento che testimonia l'esistenza di questa Chiesa risale al Liber Pontificalis dell'epoca di Papa Benedetto III (855-858), ma di lì a poco se ne perse ogni traccia.
Lo studioso Mariano Armellini riteneta che la Chiesa di Sant'Agata fosse parte del nucleo originario della Chiesa di Santa Maria in Posterula, che sarebbe sorta intorno al XII Secolo nella stessa area, ma tuttavia tra le ultime testimonianze di Sant'Agata e le prime di Santa Maria in Posterula corrono alcuni secoli che non aiutano a verificare questa teoria.